16.04.2020
Optimierung der Bakterienkultur und Plasmidaufreinigung
Rafal Grzeskowiak, Eppendorf SE
Sandrine Hamels, Blandine Vanbellinghen, Eppendorf Application Technologies S.A.
Die Plasmidaufreinigung aus Bakterienkulturen stellt ein weitverbreitetes Protokoll in Laboren der Molekularbiologie und der Life Sciences dar. Für mittelgroße Ansätze werden meist 15 mL konische Gefäße mit Schraubdeckelverschluss eingesetzt; diese ziehen jedoch häufig Nachteile in der Handhabung nach sich und erzielen weder eine optimale Produktivität der Bakterienkultur noch eine maximale DNA-Ausbeute.
Eppendorf Conical Tubes 25 mL mit Schnappdeckel nehmen sich dieser Hindernisse an. In der vorliegenden Application Note zeigen wir, dass die Produktivitat der Bakterienkultur sowie die DNA-Ausbeute beim Einsatz von 25-mL-Gefäßen im Vergleich wesentlich höher ausfielen als mit standardmäßigen 15 mL konischen Gefäßen, und dass gleichzeitig sowohl die Handhabung als auch die Durchführung des Workflows deutlich verbessert werden konnten.
Die Bakterienkultur und die nachfolgende Plasmidaufreinigung gehören zweifelsohne zu den am häufigsten durchgeführten Protokollen in Laboren der Molekularbiologie und der Life Sciences. Trotz zunehmender Verfügbarkeit und Erschwinglichkeit von Plasmidaufreinigungs-Kits verschiedener Anbieter ist die Standardmethode der alkalischen Lyse nach wie vor weit verbreitet und im akademischen Sektor fest etabliert. Diese Methode ist kostengünstig und skalierbar, und sie erzielt typischerweise hohe Ausbeuten an reiner Plasmid-DNA, welche sodann direkt in zahlreichen nachfolgenden Anwendungen, wie z.B. Restriktionsverdau, Klonierungen oder Sequenzierungen, eingesetzt werden kann.
Für mittelgroße Ansätze werden in der Regel 15 mL konische Gefäßen mit Schraubdeckel eingesetzt. Diese bieten einen dichten Deckelabschluss und gute Zentrifugationsstabilität; allerdings sind sie ebenfalls mit Nachteilen bei der Handhabung behaftet (der Umgang mit dem Schraubdeckel, Kreuzkontamination, schwierige Erreichbarkeit der Probe am Boden des Gefäßes), und häufig dienen sie daher nicht der optimalen Produktivität einer Bakterienkultur und somit der maximalen DNA-Ausbeute - insbesondere bei low-copy Plasmiden.