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31.05.2012

Zytometrische Multiplex-Assays: Intelligente Software erleichtert Datenauswertung


Multiplex-Assays erlauben die simultane Bestimmung einer Vielzahl von Proteinen in einem Versuchsansatz. Hierbei entstehen komplexe Datensätze, die in mehreren manuellen Einzelschritten ausgewertet werden müssen. Dabei unterstützt die neue Software-Version FlowCytomix Pro 3.0, eine Entwicklung von Fraunhofer FIT und eBioscience. Sie bietet für jeden Analyseschritt intelligente Vorschläge und leitet so den Benutzer einfach, nachvollziehbar und rasch durch die Analyse komplexer Experimente hin zu übersichtlichen Ergebnisreports.

Mit speziell für die Durchflusszytometrie entwickelten Assays können viele Proteine simultan in einer Probe immunologisch nachgewiesen werden. Diese Bead-basierten Sandwich Immunoassays sind sehr sensitiv und ermöglichen dadurch den Nachweis kleinster Proteinmengen. So können trotz eines kleinen Probenvolumens bis zu zwanzig immunologische Parameter simultan aus Serum, Plasma-Proben oder Zellkulturüberständen identifiziert werden. Das Anwendungsspektrum dieser Technologie ist entsprechend breit gefächert. Es reicht von der Klassifikation von T-Helferzellen bis hin zu funktionellen Untersuchungen und der Quantifizierung von inflammatorischen Zytokinen und Chemokinen, Adhäsionsmolekülen und Wachstumsfaktoren.

Die Analyse derartig komplexer Datensätze und die Zusammenstellung der Ergebnisse erfordern üblicherweise viele manuelle Einzelschritte. Der Prozess ist damit zeitaufwändig und selten eindeutig reproduzierbar. Die vom Fraunhofer-Institut für Angewandte Informationstechnik FIT und eBioscience entwickelte Software FlowCytomix Pro unterstützt den Benutzer durch ein Wizard-Konzept. Für jeden Schritt der Analyse bietet dieses intelligente Vorschläge an. Ein automatisches Clustering-Verfahren hilft bei der statistischen Zuordnung der Messdaten zu den immunologischen Parametern. In aller Regel müssen die Vorschläge durch den Benutzer nur noch kontrolliert und bestätigt werden.

Im Rahmen der mittlerweile acht Jahre andauernden Kooperation zwischen Fraunhofer FIT und eBioscience wurde die Software stetig weiter entwickelt und hinsichtlich ihrer Anwenderfreundlichkeit optimiert. Mit Version 3.0 wurde die Benutzeroberfläche umfassend modernisiert und noch klarer gestaltet. Neue Darstellungselemente erlauben dem Benutzer, alle einem Experiment zugeordneten Messungen direkt im Kontext zu betrachten. Damit ist es möglich, auf einem Blick die Qualität einer Messreihe zu bewerten. Auch die Report-Erstellung wurde verbessert: Aus der großen Menge an Ergebnissen kann mit dem neuen Release eine Auswahl frei zusammengestellt und zu einem Report kombiniert werden. Die Software generiert ein übersichtliches PDF-Dokument, das nur noch die für den Nutzer relevanten Ergebnisse enthält.

Quelle: idw/Fraunhofer-Institut für Angewandte Informationstechnik (FIT)




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