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Nachrichten und Pressemeldungen aus Labor und Analytik

28.09.2011

ATLAS Biolabs beteiligt sich am Bioinformatik-Projekt NGSgoesHPC des BMBF


ATLAS Biolabs nimmt am Verbundvorhaben NGSgoesHPC teil, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert wird. Das Projekt zielt darauf ab, die Analyse und Interpretation von DNA-Sequenzierungsdaten durch die Entwicklung von Anwendungen für moderne Hochleistungsrechner zu beschleunigen. Durch ihre Beteiligung leistet die ATLAS Biolabs GmbH nicht nur einen Beitrag zur bioinformatischen Forschung, sie legt damit auch den Grundstein für eine Erweiterung ihres Leistungsspektrums. ATLAS Biolabs bietet zahlreiche Dienstleistungen im Bereich des Next Generation Sequencing (NGS) an; diese reichen von der Sequenzanreicherung (RainDance, Agilent, Roche NimbleGen), über die Sequenzierung (Illumina, SOLiD, 454) und der damit verbundenen Qualitätskontrolle und Rohdatenanalyse bis hin zur eigentlichen Datenauswertung, etwa für die Assemblierung, Kartierung, Genomik, Transkriptomik und Epigenomik.

Moderne Sequenziertechnologien gestatten die Entschlüsselung des Genoms in immer kürzerer Zeit. Die rasante Entwicklung des Next Generation Sequencing führt allerdings zu einer Datenflut, die sich mit aktuellen Rechnersystemen kaum noch effizient und zeitnah auswerten lässt. Die Nutzung von Hochleistungsrechnern (High Performance Computer, HPC) ist deshalb unabdingbar. Durch Anpassung der Algorithmen zur "Assemblierung" und zum "Mapping" der NGS-Daten an die HPC-Hardwarearchitektur eröffnet NGSgoesHPC neue Möglichkeiten für eine bessere und schnellere Datenanalyse. Im Rahmen des Projekts sollen außerdem bessere Methoden zur Darstellung und Aufbereitung der NGS-Ergebnisse erarbeitet werden.

"Wir freuen uns sehr, an diesem zukunftsweisenden Projekt mitarbeiten zu können und vertreten dabei die Sicht des Anwenders", erklärte Dr. Karsten R. Heidtke, Leiter der Bioinformatik bei ATLAS Biolabs. "Wir engagieren uns bei der Definition der Anforderungen und der Rahmenbedingungen für die Algorithmen, die optimiert werden sollen. Außerdem steuern wir unser Wissen um die Kundenanforderungen bei der Visualisierung und Auswertung der NGS-Daten bei." ATLAS Biolabs beteiligt sich darüber hinaus an der Evaluation und den Tests der neu entwickelten Software sowie ihrer Einbindung in die hochskalierende Open-Source-Programmbibliothek, die im Rahmen des Vorhabens entstehen soll.

NGSgoesHPC wird unter dem Förderkennzeichen 01IH11003F für drei Jahre vom Bundesministerium für Bildung und Forschung und Technik (BMBF) gefördert. Das Projekt beschäftigt sich mit der Übertragung kritischer Anwendungen und Kernalgorithmen des Next Generation Sequencing auf moderne Hochleistungscomputer. Zu den Projektpartnern zählen neben der ATLAS Biolabs GmbH die Bull GmbH, Köln; das Forschungszentrum Jülich GmbH; das Max-Planck-Institut für Biologie des Alterns in Köln; die Technische Universität Dresden mit dem biotechnologischen Zentrum (BIOTEC), der Deep Sequencing Group und dem Zentrum für Informationsdienste & Hochleistungsrechnen (ZIH); die Universität Köln mit dem regionalen Rechenzentrum (RRZK) und dem Cologne Center for Genomics (CCG); die DataDirect Networks GmbH in Freiburg und das ExaCluster Labor der Intel GmbH in Jülich.

Quelle: ATLAS Biolabs GmbH




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