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Datenbankgestützte Methoden zur Analyse von Funktions-, Expressions- und Aufreinigungseigenschaften von Proteinen

Widmann, Michael - Universität Stuttgart (2010)


Die Anzahl an Sequenz- und Strukturinformationen zu Proteinen und Genomen ist gegenwärtig bereits immens umfangreich und wächst stetig an. Die Vielzahl an Sequenz- und Strukturinformationen birgt ein enormes Potenzial, um mittels systematischer Analysen Modelle und Vorhersagen für das Verhalten von Proteinen und gegebenenfalls ganzer Proteinfamilien zu erstellen. Das Ziel der in dieser Arbeit durchgeführten systematischen Analysen war die Erstellung von familienspezifischen und allgemeinen Regeln für die Vorhersage von Expressions- und Aufreinigungsparametern von Proteinen. Hierfür wurde zum einen der Einfluss von seltenen Codons auf die Expression von Proteinen untersucht. Zum anderen wurden Modelle erstellt um die Vorhersage des Aufreinigungsverhaltens von Proteinen mittels Ionenaustausch-chromatographie zu beschreiben. Die Proteinfamiliendatenbank der Familie der a/b Hydrolasen war Teil dieser Analysen und wurde darüber hinaus umfangreich erweitert. Die Klassifizierung und Integration einer neuen Proteinfamilie in diese Datenbank wurde durch systematische Struktur- und Sequenzvergleiche ermöglicht. Zudem wurde für die Familie der Thiamindiphosphat (ThDP)-abhängigen Enzyme eine umfassende Proteinfamiliendatenbank etabliert mit dem Ziel, systematische Analysen dieser diversen Proteinfamilie zu ermöglichen.


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